CONTACT

Pierre Saintigny, PH
Chef d'équipe
pierre.saintigny@lyon.unicancer.fr

MARTINEZ Pierre
MAHTOUK Karène
ALBARET Marie Alexandra
Chercheur translationnel (CLB)
marie.albaret@lyon.unicancer.fr
ORTIZ-CUARAN Sandra
Chercheur translationnel (CLB)
sandra.ortiz-cuaran@lyon.unicancer.fr
LAVERGNE Vincent
MALET Lucie
LEONCE Camille
BOUAOUD Jebrane
KARABAJAKIAN Andy

Etudiant en Master 2 (2019-2020)

LE MEITOUR Yannick

Etudiant en Master 2 (2019-2020)

GREGOIRE Vincent
Radiothérapeute (CLB)
vincent.gregoire@lyon.unicancer.fr
FAYETTE Jérôme

Oncologue médical (CLB)
jerome.fayette@lyon.unicancer.fr

ZROUNBA Philippe
PEROL Maurice
Oncopneumologue (CLB)
maurice.perol@lyon.unicancer.fr
SWALDUZ Aurélie
Oncopneumologue (CLB)
aurelie.swalduz@lyon.unicancer.fr
BERTOLUS Chloé

Chirurgien maxillo-facial (PUPH, CHU Pitié-Salpétrière)
chloe.bertolus@aphp.fr

FOY Jean-Philippe
Chirurgien maxillo-facial (CCA,  CHU Pitié Salpêtrière)
jean-philippe.foy@aphp.fr
DE SOUZA Geneviève
Ingénieur d'étude (CLB)
genevieve.desouza@lyon.unicancer.fr
VANBERVLIET Béatrice
Ingénieur d'étude, Fondation Synergie Lyon Cancer
beatrice.vanbervliet@lyon.unicancer.fr
BOREL Nathalie
Assistante Administrative (CLB)
nathalie.borel@lyon.unicancer.fr
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FINANCEMENTS

INCa (Institut National du Cancer)
DGOS (Direction Général de l’Offre de Soins)
ANR (Agence Nationale de la Recherche)
Ligue Nationale contre le Cancer
Fondation ARC pour la recherche sur le cancer
Fondation Bristol Myers Squibb
Fondation pour le Recherche Médicale
Fondation de France
Fondation Synergie Lyon Cancer
Région  Auvergne Rhône-Alpes (AURA)
Métropole de Lyon
Cancéropôle CLARA
Novartis, Astra-Zeneca, Roche, Genentech

 

COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES

Locales au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
-Equipe Alain Puisieux
-Equipe Jean-Jacques Diaz
-Equipe Christophe Caux
-Equipe Peter Mulligan

Nationales
-Equipe Vassili Soumelis, Institut Curie -> Hôpital St Louis
-Equipe Salem Chouaib, Institut Gustave Roussy
-Equipe Marie-Caroline Dieu-Nosjean, Pitié-Salpétrière
-Centres inclueurs dans l’essai LIBIL (NCT02511288; https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02511288)
et LIBELULE (NCT03721120; https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03721120)
-Centres inclueurs dans l’essai IHNPACT (NCT01524978) program
-Sites Intégrés de Recherche en Cancérologie partenaires du programme OSIRIS (https://en.e-cancer.fr/OSIRIS-a-national-data-sharing-project)

Internationales
-World Innovative Network in personalized cancer medicine (WIN)
-Scott M. Lippman, UCSD Moore Cancer Center, San Diego, CA
-Mark Lingen, University of Chicago, IL
-Senada Koljenovic, Erasmus MC, Netherlands
-Paolo Bossi, Brescia, Italy
-Moshe Elkabets, Ben Gurion University, Israel
-Charbel Darido, Peter Mac Callum Cancer Center, Melbourne, Australia
-Christine M Lovly, University of Vanderbilt, USA
-Roman Thomas, Cologne, Germany

Biotechs
-Inivata (biopsies liquides, panels amplicon-based panels) : https://www.inivata.com/
-HTG Molecular Diagnostics, Inc. (panels transcriptomiques pour échantillons FFPE): https://www.htgmolecular.com/
-HITACHI Healthcare (Biomarqueurs de réponses à la protonthérapie): http://www.hitachi.com/businesses/healthcare/
-Cellenion : programme R & D pour l’analyse de cellules isolées comme biomarqueur en oncologie: https://www.cellenion.com/

OBJECTIFS

Notre objectif est de comprendre la dynamique longitudinale des cancers des voies aérodigestives supérieures afin de prévenir la transformation des lésions prémalignes et le développement de tumeurs primitives secondaires et améliorer l’efficacité des traitements. Notre stratégie est d’intégrer les paramètres cliniques, anatomo-pathologiques et les profils moléculaires pour décrire au mieux les changements dynamiques au cours de stades précoces de la tumorigénèse et sous la pression de sélection des traitements systémiques et de la radiothérapie. Nos objectifs sont spécifiquement de comprendre la dynamique évolutive au cours des stades précoces de la tumorigénèse, principalement dans la cavité orale, d’appréhender la diversité et l’hétérogénéité des cancers des voies aéro-digestives supérieures pour une meilleure stratification des patients, et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour les patients atteints de carcinomes épidermoïdes.

PROJETS

Notre équipe se concentre sur l’étude de la muqueuse des voies aéro-digestives supérieures depuis les stades prénéoplasiques jusqu’aux carcinomes épidermoïdes établis, avant et après traitement systémique. Notre but à long terme est de diminuer l’incidence des carcinomes épidermoïdes des voies aérodigestives supérieures en prévenant la transformation des lésions orales prémalignes ou le développement de cancers primitifs secondaires dans le champ de cancérisation, et en améliorant l’efficacité des traitements de cancers établis. Notre objectif scientifique est de comprendre la dynamique longitudinale des carcinomes épidermoïdes des voies aérodigestives supérieures afin de développer des stratégies préventives et thérapeutiques pertinentes biologiquement aux différents temps de l’histoire naturelle de la maladie. Nous intégrons des données cliniques, anatomo-pathologiques et moléculaires d’échantillons humains et de modèles précliniques, pour comprendre la dynamique des changements au cours du temps pendant les phases précoces de la tumorigénèse et sous la pression de sélection des traitements, afin d’identifier des vulnérabilités biologiques potentiellement actionnables dans le cadre de nouvelles stratégies de prévention et de traitement.

Nos projets s’articulent selon 3 axes :

L’axe 1 vise à comprendre les trajectoires évolutives génétiques et du microenvironnement sous-jacentes à la progression des lésions prémalignes, et d’intégrer les données phénotypiques (profil d’expression génique), génétiques et immunologiques pour améliorer l’évaluation du risque de transformation et développer un rationnel biologique pour des stratégies innovantes de prévention de la transformation.

L’axe 2 vise à caractériser la diversité et l’hétérogénéité des carcinomes épidermoïdes des voies aéro-digestives supérieures avant traitement et à la progression afin d’affiner la classification moléculaire de la maladie et évaluer sa pertinence clinique pour mieux stratifier les patients.

L’axe 3 vise à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques par l’exploration systématique et la validation de protéines membranaires non-canoniques (protéines externalisées) dans les carcinomes épidermoïdes des voies aéro-digestives supérieures, en utilisant une approche in silico et protéomique.

Notre approche scientifique est de nature translationnelle et multidisciplinaire, associant l’expertise de chercheurs fondamentaux, translationnelles et des cliniciens. Nous sommes très engagés dans la formation des jeunes biologistes, médecins et pharmaciens, en particulier dans le cadre des doubles parcours. L’équipe collabore de manière étroite avec de nombreuses équipes du CRCL, au plan national et international. Nous avons développé une expertise de l’analyse intégrée de données haut-débit et cliniques produite par l’équipe ou disponibles dans le domaine publique (TCGA, ICGC, GEO…), et qui est souvent à l’origine de nos travaux collaboratifs. Nous avons également divers intéractions avec le monde socio-économique sous la forme de collaborations avec l’industrie pharmaceutique (études ancillaires) et des biotechs. Plus spécifiquement, nous développons un programme de biopsie liquide comme moyen d’appréhender la dynamique des cancers (Inivata, Illumina…) et l’analyse transcriptomique à partir d’échantillons fixés et inclus en paraffine (HTG Molecular Diagnostics). Un autre exemple est un programme financé dont l’objectif est de développer avec Cellenion des approches innovantes pour l'analyse de cellules isolées.

PUBLICATIONS MAJEURES

1. Rodon J., …, Saintigny P., …, Kurzrock R. Genomic and transcriptomic profiling expands precision cancer medicine: the WINTHER trial. Nat Med. 2019 May;25(5):751-758.

2. Foy JP., Bertolus C., Ortiz-Cuaran S., Albaret MA., …, Destandau S., Souza G., …, Saintigny P. Immunological and classical subtypes of oral premalignant lesions. Oncoimmunology. 2018 Sep 21;7(12):e1496880.

3. Albaret MA., …, Paré A., …, Saintigny P., Diaz JJ. Externalized Keratin 8: A Target at the Interface of Microenvironment and Intracellular Signaling in Colorectal Cancer Cells. Cancers (Basel). 2018 Nov 16;10(11). pii: E452.

4. Saintigny P., Mitani Y., Pytynia KB., Ferrarotto R., Roberts DB., Weber RS., Kies MS., Maity SN., Lin SH., El-Naggar AK. Frequent PTEN loss and differential HER2/PI3K signaling pathway alterations in salivary duct carcinoma: Implications for targeted therapy. Cancer. 2018 Sep 15;124(18):3693-3705.

5. Saintigny P., William WN Jr., Foy JP., Papadimitrakopoulou V., Lang W., Zhang L., Fan YH., Feng L., Kim ES., El-Naggar AK., Lee JJ., Mao L., Hong WK., Lingen MW., Lippman SM. Met Receptor Tyrosine Kinase and Chemoprevention of Oral Cancer. J Natl Cancer Inst. 2018 Mar 1;110(3).

6. Martinez P., Mallo D., Paulson TG., Li X., Sanchez CA., Reid BJ., Graham TA., Kuhner MK., Maley CC. Evolution of Barrett’s esophagus through space and time at single-crypt and whole-biopsy levels. Nat Commun. 2018;9(1):794.

7. Foy JP., Bazire L., Ortiz-Cuaran S., Deneuve S., Kielbassa J., Thomas E., Viari A., Puisieux A., Goudot P., Bertolus C., Foray N., Kirova Y., Verrelle P., Saintigny P. A13-gene expression-based radioresistance score highlights the heterogeneity in the response to radiation therapy across HPV-negative HNSCC molecular subtypes. BMC Med. 2017 Sep 1;15(1):165.

8. Foy JP., Bertolus C., …, Albaret MA., Ortiz-Cuaran S., …, Fayette J., …, Zrounba P., …, Saintigny P. The immune microenvironment of HPV-negative oral squamous cell carcinoma from never-smokers and never-drinkers patients suggests higher clinical benefit of IDO1 and PD1/PD-L1 blockade. Ann Oncol. 2017 Aug 1;28(8):1934-1941.

9. Morel AP …, Saintigny P …, Puisieux A. A stemness-related ZEB1-MSRB3 axis governs cellular pliancy and breast cancer genome stability. Nat Med. 2017 May;23(5):568-578.

10. Ferrari A., …, Saintigny P., Birnbaum D., Viari A., Thomas G. A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers. Nat Commun. 2016 Jul 13;7:12222.

11. Timmer MR*., Martinez P.,*…., Derivation of genetic biomarkers for cancer risk stratification in Barrett's Oesophagus: a prospective cohort study. Gut, 2016 Oct;65(10):1602-10.

12. Ortiz-Cuaran S*., …., Heterogeneous Mechanisms of Primary and Acquired Resistance to Third-Generation EGFR Inhibitors. Clin Cancer Res. 2016 Oct 1;22(19):4837-4847.

13. Martinez P., ..., Dynamic clonal equilibrium and predetermined cancer risk in Barrett’s oesophagus. Nat Commun. 2016;7:12158.

14. Lavery DL., Martinez P., Gay LJ., Cereser B., Novelli MR., Rodriguez-Justo M., ... Jansen M. Evolution of oesophageal adenocarcinoma from metaplastic columnar epithelium without goblet cells in Barrett's oesophagus. Gut, 2016;65(6):907-913.

15. Lavergne V., Harliwong I., Jones A., Miller D., Taft RJ., Alewood PF. Optimized deep-targeted proteotranscriptomic profiling reveals unexplored Conus toxin diversity and novel cysteine frameworks. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Jul 21;112(29):E3782-91.

16. Lovly CM., …, Ortiz-Cuaran S., …., Rationale for co-targeting IGF-1R and ALK in ALK fusion-positive lung cancer. Nat Med. 2014 Sep;20(9):1027-34.

17. Fernandez-Cuesta L*., Plenker D*., …, Ortiz-Cuaran S., …., CD74-NRG1 fusions in lung adenocarcinoma. Cancer Discov. 2014 Apr;4(4):415-22.

18. Gerlinger M., Horswell S., Larkin J., Rowan AJ., Salm MP., …Martinez P., …, Swanton C. Genomic architecture and evolution of clear cell renal cell carcinomas defined by multiregion sequencing. Nature Genetics, 2014;46(3):225-233.

CENTRE DE RECHERCHE EN CANCEROLOGIE DE LYON (CRCL)
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