Le CRCL est dirigé par Alain Puisieux (voir sa biographie). Le Directeur bénéficie de l'assistance de 2 Directeurs-Adjoints (Patrick Mehlen et Charles Dumontet), ainsi que de 2 comités : le Conseil de Direction et le Comité Stratégique (inclut les chefs d'équipe). Ces deux conseils définissent la stratégie scientifique, la gestion financière ou encore des ressources humaines du CRCL.
Le Conseil de centre regroupe des représentants élus des différents corps (doctorants, postdoctorants, personnels techniques, chercheurs et enseignants-chercheurs) ainsi que des membres de droit et des membres nommées. Ce conseil est informé de tous les faits marquants de la vie du Centre. Il discute de tout problème d'organisation, de gestion ou administratif qui se pose au CRCL et est force de proposition pour améliorer la vie et l'organisation du centre.
Le Conseil de Direction Opérationnelle regroupe le conseil
de Direction et des membres statutaires du CRCL (chercheurs ou ITA) qui
souhaitent participer à la mise en œuvre et la réalisation de missions
stratégiques transversales impliquant le développement du CRCL. Les missions
confiées au Conseil de Direction Opérationnelle concernent par exemple : Les
relations internationales et l’attractivité du CRCL ; Les relations avec les
tutelles et les structures loco-régionales ; La gestion des grands AO et les
relations avec les agences de financement ; Les développements technologiques,
infrastructures et équipements ; La formation et l’enseignement.
En outre, le CRCL s'appuie sur un Conseil Scientifique International, composé de personnalités de renom qui apportent au CRCL leur expertise scientifique, leur vision stratégique de la recherche et leur reconnaissance internationale.