CONTACT

Fabien ZOULIM

Direction d'équipe
fabien.zoulim@inserm.fr
04 72 68 19 70 (secrétariat)

Bâtiments Inserm
151 Cours Albert Thomas
69424 Lyon Cedex 03

ZOULIM Fabien
Professeur des Universités - Praticien Hospitalier (UCLB - HCL)
BARTOSCH Birke
DURANTEL David
PARENT Romain
MICHELET Maud
Ingénieur d'étude Inserm
maud.michelet@inserm.fr
FRESQUET Judith
Ingénieur d'études Inserm
judith.fresquet@inserm.fr
JAMARD Catherine
Technicienne Inserm
catherine.jamard@inserm.fr
MOLLE Jennifer

Assistante Ingénieure
jennifer.molle@inserm.fr

LUCIFORA Julie
STADELMAYER Bernd
Chercheur post-doctorant
marie-laure.plissonnier@inserm.fr
TESTONI Barbara
DIMIER Laura
FARHAT Rayan

Post-doctorant
rayan.farhat@inserm.fr

MAADADI Sarah
CHABROLLES Hélène

Etudiante en thèse
helene.chabrol@inserm.fr

LOCATELLI Maëlle
PECHEUR Eve-Isabelle
GRIGOROV Boyan

Maître de Conférences / U. de Lyon
boyan.grigorov@inserm.fr

REUNGOAT Emma
DIEDERICHS Audrey
CHARDES Brieux
INSCHAUSPE Aurore
CHAPUS Fleur
MONNIER Léa
FAURE-DUPUY Suzanne
BARNAULT Romain
FOCA Adrien
AILLOT Ludovic
COMBET Christophe
LAHLALI Thomas
SCHOLTES Caroline

Maître de conferences U. de Lyon
caroline.scholtes@inserm.fr

QUINET Jonathan
VEGNA Serena
DUPONCHEL Sarah
Salvetti Anna
MARTINEZ Guadalupe
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Collaborations
Prof. Michel Ovize / Dr. Jennifer Rieusset, UMR1060, Lyon, France
Dr Uzma Hasan and Dr Thomas Henry, University of Lyon, INSERM U81 and Finovi Team, Lyon, France
Dr Massimo Tommasino and Dr Pierre Hainaut/Andre Da Costa and Dr Herceg, IARC, Lyon France
Dr. Marie-Louise Michel, Institut Pasteur, Paris
Prof. Helmut Diepolder, Klinikum Universitaet München, München, Allemagne
Prof. Ulrike Protzer, Institute for Virology, München, Allemagne
Dr. Margarethe Odenthal, Institute of Pathology, Köln, Allemagne
Prof. Massimo Levrero, University « La Sapienza », Roma, Italie
Prof. Peter Nielsen, Université de Copenhague, Danemark
Prof. Mark Thursz, Imperial College, London, UK
Dr Nicole Zitzmann, Institut de Glycobiologie, Université d’Oxford, Oxford, UK
Prof. Abraham Brass, Harvard Medical School, MA, USA
Dr Ourania Andrisani, Université de Purdue, IN, USA
Prof. Vitor Faça, Université de San Paulo, Brézil

Financements Nationaux
Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) OPERA: Organ Damage and Repair (2012-2015)
ANR CYDIACOR: Involvement of cyclophilin D in blood glucose regulation and diabetic myocardial contractile dysfunction (2013-2015)
Ministère de la Santé – Centre de Recherche Clinique (2011-2015)
Fondation pour la Recherche Médicale, Equipe FRM : Caractérisation de la réponse immunitaire innée de l’hépatocyte contre l’infection par HBV (2011-2014)
Institut Universitaire de France (2009-2014)
ANRS (Agence nationale pour la recherche sur le sida): Financements réguliers pour les projets et des bourses doctorales/postdoctorales
Finovi (Fondation "Innovations en Infectiologie", 2014-2016): VHB & immunité innée (2 projets)

Financements Internationaux
PROLIFICA - European Community - FP7: Prévention de la fibrose et le cancer du foie en Afrique (2011-2014)
Marie-Curie International Reintegration Grants – FP7 people: Hepatitis C virus virion-bound proteins : identification in clinical samples and in vitro dissection of their importance in the viral life cycle (2009-2014)
HEPACUTE - European Community - FP7: Host and viral factors in acute hepatitis C (2010-2013)
NIH (R01) : Mécanisme de la transformation des hépatocytes par la protéine HBx d’HBV (2012-2015)

OBJECTIFS

Les virus des hépatites B et C sont responsables d’infections chroniques chez près de 600 millions de personnes dans le monde et favorisent le développement d’atteinte hépatique (stéatose et fibrose) pouvant conduire à la cirrhose et au carcinome hépatocellulaire (CHC). Les objectifs principaux de l’équipe sont de mieux comprendre les mécanismes moléculaires qui permettent l’établissement et le maintien des infections persistantes par les virus des hépatites B et C. Une meilleure compréhension de ces mécanismes devrait permettre le développement de nouvelles stratégies antivirales (directe ou par stimulation du système immunitaire) visant à l’éradication des infections virales et la prévention (CHC) ou la régression (stéatose, fibrose) des pathologies associées.

PROJECTS

Hépatites B et C : pathogenèse et nouveaux traitements
Pour développer de nouvelles stratégies de prévention du CHC induit par HBV, il est indispensable de comprendre qu’elles sont pour ce virus les possibilités d'échappement initial et chronique à la pression immune et antivirale, induisant une tolérance immune et la persistance virale. L'étude des interactions virus-cellules et la caractérisation de la réponse immunitaire innée de l'hépatocyte à HBV devraient en effet contribuer à identifier les mécanismes impliqués dans la persistance virale et la transformation cellulaire. Par ailleurs, de nouvelles stratégies d'immunisation de patients infectés chroniquement par HBV et sous antiviraux sont aussi évaluées avec pour objectif d'augmenter les réponses T spécifiques.

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GROUPE B. TESTONI & F.ZOULIM

Projet :

Biology of cccDNA and novel biomarkers for in chronic HBV infections

 

Context: The goals of current HBV therapy are to prevent the development of cirrhosis, hepatic decompensation, hepatocellular carcinoma (HCC) and death from HBV-related liver disease, which represents the 3rd mortality cause worldwide. This, associated to suboptimal vaccination coverage in highly endemic areas, make CHB a worldwide major health burden, with more than 240 million people being chronic carriers of the infection.

Current first-choice treatments for chronic hepatitis B (CHB) are able to efficiently induce viral suppression in the majority of patients, but life-long therapy is needed to maintain infection under control due to their inability to eliminate the virus from infected hepatocytes. Indeed, the hepatitis B virus (HBV) minichromosome, the so-called covalently closed circular (ccc)DNA, is wrapped around nucleosomes to form a stable, chromatinized structure that is regulated by epigenetic mechanisms and is responsible for viral persistence in the nucleus of infected cells. Moreover, the ability of HBV to integrate into the host genome hampers a complete sterilizing cure.

The residual viral replication and antigen production in most patients under treatment substantially contributes to the residual risk of hepatocarcinogenesis.

New therapeutic approaches are needed to overcome HBV persistence in the infected cells, or at least, to control its transcriptional and replicative activity.

Concomitantly, the advent of new combinatorial therapies requires the need of defining new endpoints for the assessment of therapeutic efficiency and of serum standardized assays representing surrogate markers intrahepatic viral activity.

 

Objectives:

1°) Generate new knowledge on cccDNA biology, in particular on the key steps leading to its formation and to its transcriptional regulation once the pool is established, in vitro and in vivo

2°) Investigate Gene editing approaches to induce cccDNA degradation

3°) Investigate new serum surrogate markers for intrahepatic cccDNA amount and/or activity; assess their correlation with intrahepatic HBV activity and evaluate their prognostic value in CHB patients cohorts

4°) Investigate the impact of viral/host genome genetic variability on cccDNA epigenetic regulation and on new antiviral treatments efficiency

5°) Analyze HBV integration in the host genome and its role in liver pathogenesis

GROUPE A. SALVETTI, J. LUCIFORA, D. DURANTEL

Réponses innées et intrinsèques contre les virus des hépatites B et delta: de la biologie au développement de nouveaux antiviraux ciblant des facteurs de l'hôte.

D'après l'OMS, environs 250 millions de personnes sont infectés de façon chronique par le virus de l'hépatite B (HBV) et ont un risque accru de développer des maladies sévères du foie comme la fibrose/cirrhose, défaillance du foie, carcinome hépatocellulaire qui peuvent mener à la mort. HBV circule à l'extérieur des cellules sous forme d'un virus enveloppé contenant un ADN double brin relâché circulaire partiellement double brin (rcDNA) packagé dans une capside icosaèdre. En plus de jouer un rôle essentiel dans la formation de la nucléocapside, la protéine core (HBc) est aussi localisée dans le noyau des cellules infectées où elle a des fonctions régulatrices. Les traitements antiviraux actuellement approuvés mènent généralement à une réduction transitoire ou prolongée de la virémie dans le sang dans des patients. Cependant, l'élimination complète du virus dans le foie est très rarement obtenue car le virus persiste dans le noyau des cellules infectés sous forme d'un épisome (cccDNA). Comprendre les mécanismes responsables de l'établissement et de la persistance virale est un objectif majeur à atteindre pour développer de nouvelles thérapies innovantes.

Environs 15 à 20 million de personnes sont chroniquement infectées par HBV et le virus de l'hépatite delta (HDV). Cette co-infection est l'une des plus fréquente à travers le monde et mène à la forme d'hépatite virale la plus aggressive avec une accélération de la progression vers la fibrose/cirrhose et un risque accru de défaillance du foie, carcinome hépatocellulaire et mort.   La prise en charge des patients est assez empirique car il n'y a pas de traitements spécifiques contre HDV. L'interferon alpha pégylé, la seule molécule approuvée par les directives internationales, n'est pas bien toléré et ne supprime la virémie HDV que dans la moitié des cas. De plus, des rechutes à l'arrêt du traitement sont très souvent observées. Le nombre de molécules actuellement en test est limité car il est difficile de cibler directement HDV puisqu'il dépend grandement de la machinerie cellulaire pour se répliquer.


A l'aide de systèmes originaux et pertinents comme des culture de cellules primaires du foie, des cultures en 3D et des modèles murins, nos programmes de recherches ont pour but de générer des connaissances sur cette dangereuse co-infection HBV/HDV dans le but de développer des thérapies innovantes (dont des immuno-thérapie). Les objectifs spécifiques de notre groupe sont :

1°) Déterminer le rôle des cellules non parenchymales dans l'établissement et le maintien des co-infections HBV/HDV

2°) Analyser la réponse intrinsèque précoce contre les génomes viraux dans le noyau. En particulier, nos travaux ont pour but de caractériser la réponse aux dommages de l'ADN (DRR) induite par le relargage du rcDNA d'HBV dans le noyau des cellules and l'impact de cette réponse sur la formation de du cccDNA.

3°) D'identifier les fonctions nucléaires régulatrices d'HBc and son impact sur la régulation de la réponse intrinsèque. Notre approche s'appuie notamment sur l'identification de partenaires nucléaires d'HBc par analyses protéomiques.

4°) D'identifier les facteurs cellulaires (senseurs de l'immunité inné) et viraux influençant les conséquences des infections HBV/HDV et la réponse au traitement par l'interféron alpha.

5°) De comprendre comment la surinfection par HDV aggrave la maladie hépatique

6°) De tester et développe des thérapies innovantes utilisant par exemple des agonistes de récepteurs aux pathogènes (PRR), des molécules ciblant directement HBc ou des molécules ciblant des facteurs cellulaires nécessaires à la réplication d'HBV et HDV.

 

Personnel : 3 chercheurs statutaires (INSERM), 1 IE statutaire (INSERM), 1 AI (CDD), 4 Post-docs, 6 thésards

Financements : ANRS, FINOVI, Infect-ERA, Janssen, Gilead, Novira Pharma., Arbutus Biopharma, Roche, Assembly Biosciences

Publications récentes : 1. Diab et al., Hepatology, 2017; 2. Alfaiate et al., Antiviral Res. 2016; 3. Durantel et al., J Hepatol. 2016 ; 4. Lucifora et al., J Hepatol. 2016 ;  5. Zannetti et al., J Immunol. 2016; 6. Isorce et al., Antiviral Res. 2016; 7. Luangsay et al., J Hepatol. 2015a; 8. Luangsay et al., J Hepatol. 2015b; 9. Lucifora et al., Science. 2014 ; 10. Jammart et al., J Virol. 2013.  

  

GROUPE B. BARTOSCH

Tumor cell-like metabolic adaptations in the pathophysiology of chronic viral hepatitis

Chronic infection with hepatitis B and C and D viruses (HBV/ HCV/HDV) is one of the main etiologies of hepatocellular carcinoma (HCC), the most common form of liver cancer. A major feature of chronic viral hepatitis is the frequent occurrence of oxidative stress and metabolic alterations, which play a major role in liver fibrosis and disease progression towards liver cancer.  At the interface between virology, cell biology and biochemistry, our laboratory is analyzing metabolic alterations and associated intracellular oxidative stress induced by hepatitis viruses and their respective roles in the development of liver fibrosis. We have found for example evidence for the installation of a tumor cell-like metabolism in HCV-infected cells, characterized by a special dependence on glutamine utilization. Importantly, altered glutamine fluxes impact mitochondria and mitochondrial functions and may alter cellular resistance to apoptosis, inflammatory processes, metabolic and redox homeostasis in infected cells and is thus potentially strongly pro-carcinogenic.

Our particular aims are:

·      To  show how hepatitis viruses modulate metabolic fluxes using biochemistry, molecular biology and metabolomics

·      To investigate how hepatitis viruses impact and alter mitochondrial structure and functions, via direct binding to these organelles or by altered function of mitochondrial or metabolic enzymes

·      Investigate how hepatitis virus-induced metabolic changes are linked to increased oxidative stress frequently observed in infection in vitro and in patients

·      To investigate how the above events drive fibrosis progression and hepatocarcinogenesis in infected patients

 

To find answers to these questions, we use a mixture of molecular and cellular biology, biochemistry, metabolomics, imaging and state of the art infection assays (P3 biosafety level). In addition, we have access to clinical cohorts and samples.

These studies will on the long term lead to the development of biomarkers and optimization of treatment modalities for fibrosis progression and prevention of hepatocarcinogenesis in viral hepatitis.

Selected publications from 2015-2017:

·      AV Ivanov, O Khomich, B Bartosch. Oxidative Stress in Hepatitis C infection; Bookchapter in  Liver Oxidative Stress and Dietary Antioxidants, edited by Vinood Patel. Elsevier. In press

·      O. Smirnova, T. Keinanen, O. Ivanova M. Hyvonen, A. Khomutov, S. Kochetkov, B. Bartosch, and A. Ivanov  Hepatitis C virus Alters metabolism of biogenic polyamines by affecting expression of key enzymes of their metabolism 2017 BBRC

·      AV Ivanov, VT Valuev-Elliston, DA Tyurina, ON Ivanova, SN Kochetkov, B Bartosch, MG Isaguliants Oxidative stress, a trigger of hepatitis C and B virus-induced liver carcinogenesis. 2017 Oncotarget

·      P.L. Lévy, S. Duponchel, H. Eischeid, M. Michelet, J. Molle, HP. Dienes, HM. Steffen, M. Odenthal, F. Zoulim, B. Bartosch. Hepatitis C virus infection triggers a tumor-like glutamine metabolism. 2017 Hepatology

·      A V. Ivanov, V T. Valuev-Elliston, O Ivanova, S N. Kochetkov, B Bartosch and M G. Isaguliants. Oxidative stress during HIV infection: mechanisms and consequences. 2016 Oxid Med Cell Longev

·      J  Rieusset ,  J  Fauconnier,  M  Paillard ,  E  Belaidi ,  E  Tubbs ,   M-A  Chauvin,  A  Durand ,  A  Bravard ,  G  Teixeira ,  B  Bartosch ,  M Michelet, P Theurey , G Vial , M Demion, E Blond , F Zoulim , L Gomez , H Vidal , A Lacampagne, M Ovize.  Disruption of calcium transfer from ER to mitochondria links alterations of mitochondria-associated endoplasmic reticulum membranes (MAM) integrity to hepatic insulin resistance. 2016 Diabetologia

·      Charlène Brault, Pierre Lévy, Sarah Duponchel, Maud Michelet, Aurèlie Sallé, Eve-Isabelle Pecheur, Marie-Laure Plissonnier, Romain Parent, Evelyne Véricel, Alexander V Ivanov, Münevver Demir, Hans-Michael Steffen, Margarete Odenthal, Fabien Zoulim, Birke Bartosch. Glutathione peroxidase 4 is reversibly induced by HCV to control lipid peroxidation and to increase virion infectivity. 2016 Gut

·      Pierre Lévy, Birke Bartosch, Metabolic reprogramming: a hallmark of viral oncogenesis. 2015 Oncogene

·      Bartosch B. Piecing together the key players of fibrosis in chronic hepatitis C: what roles do non-hepatic liver resident cell types play? 2015 Gut

GROUPE R. PARENT

Nétrine-1, récepteurs UNC5 et maladies chroniques du foie

 

 Netrin-1 est une molécule sécrétée impliquée dans le développement neuronal. Il a également été démontré qu’elle était impliquée dans la pathogenèse et la résistance au traitement d'une gamme importante de types de cancer.

Cependant, aucune étude n'a abordé le rôle de la netrine-1 dans le domaine du foie. Nous avons déjà mis en œuvre plusieurs études visant à définir le rôle de l'axe netrin-1 / UNC5A dans la maladie chronique du foie, en utilisant les modèles HCV et UPR.

 

Nous avons montré que:

- Netrin-1 et HCV sont des inducteurs réciproques in vitro et chez les patients, par l'augmentation de la morphogenèse virale et de l'entrée virale, les deux phénomènes convergeant vers une augmentation du taux d'infectiosité des virions du VHC, de manière dépendante de l'EGFR. Cette association fonctionnelle impliquant un virus lié au cancer et la netrine-1 plaide en faveur de l’évaluation de l'implication des ligands de récepteurs UNC5 par d'autres espèces microbiennes oncogènes.

- Le récepteur à dépendance UNC5A contrecarre la persistance du VHC par la régulation de l'autophagie d'une manière dépendant de DAPK1 et diminue considérablement dans les échantillons de HCC, et plus particulièrement chez des cirrhotiques VHC+.

- Contrairement à plusieurs transcrits oncogènes structurellement apparentés (l-myc, c-myc, c-myb), l'ARN messager netrin-1 a été sélectionné pour la traduction pendant l'UPR à la fois dans les hépatocytes humains et chez les foies de souris. L'appauvrissement de la netrine-1 lors de l'UPR induit l'apoptose, entraînant la mort cellulaire par une intervention médiée par les récepteurs UNC5, la protéine phosphatase 2A et la DAPK1 associée à la mort in vitro et chez les souris transgéniques de la netrine. La traduction de la netrine-1 par sequence IRES conduit à l'inhibition de l'apoptose médiée par UNC5A / DAPK1 dans le contexte hépatique lors de l’UPR, une caractéristique de la maladie chronique du foie.

Les objectifs à aborder concernent:

- L'implication de la netrine-1 dans l'inflammation du foie 

- L'implication de la netrine-1 dans l'apparition du HCC 

Étant donné que l’upregulation de la netrin-1 couvre un large éventail de maladies du foie (Plos Biol 2016), de tels programmes pourraient contribuer à l’enrichissement des perspectives thérapeutiques relatives au CHC.

 

Publications du groupe relatives à ce thème:

 

1: Plissonnier ML, Lahlali T, Raab M, Michelet M, Romero-López C, Rivoire M, Strebhardt K, Durantel D, Levrero M, Mehlen P, Zoulim F, Parent R. Reciprocal antagonism between the netrin-1 receptor uncoordinated-phenotype-5A (UNC5A) and the hepatitis C virus. Oncogene. 2017 Aug 7. doi: 10.1038/onc.2017.271. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 28783179.

 

2: Lahlali T, Plissonnier ML, Romero-López C, Michelet M, Ducarouge B, Berzal-Herranz A, Zoulim F, Mehlen P, Parent R. Netrin-1 Protects Hepatocytes Against Cell Death Through Sustained Translation During the Unfolded Protein Response. Cell Mol Gastroenterol Hepatol. 2016 Jan 9;2(3):281-301.e9. doi: 10.1016/j.jcmgh.2015.12.011. eCollection 2016 May. PubMed PMID: 28174720; PubMed 

Central PMCID: PMC5042567.

 

3: Plissonnier ML, Lahlali T, Michelet M, Lebossé F, Cottarel J, Beer M, Neveu G, Durantel D, Bartosch B, Accardi R, Clément S, Paradisi A, Devouassoux-Shisheboran M, Einav S, Mehlen P, Zoulim F, Parent R. Epidermal Growth Factor Receptor-Dependent Mutual Amplification between Netrin-1 and the Hepatitis C Virus. PLoS Biol. 2016 Mar 31;14(3):e1002421. doi: 10.1371/journal.pbio.1002421.  eCollection 2016 Mar. PubMed PMID: 27031829; PubMed Central PMCID: PMC4816328.

 

4: Plissonnier ML, Lahlali T, Mehlen P, Parent R. [Hepatitis C, EGFR, cirrhosis and netrin-1: potential implications for HCC onset]. Med Sci (Paris). 2016 Jun-Jul;32(6-7):566-8. doi: 10.1051/medsci/20163206013. Epub 2016 Jul 12. French. PubMed PMID: 27406760.

GROUPE E-I PECHEUR

Héparanes sulfates protéoglycanes du microenvironnement hépatocytaire dans l’infection et la carcinogenèse précoce induite par les virus hépatotropes B, C et delta.

Les hépatites virales chroniques sont à l'origine de 75% des cas de carcinome hépatocellulaire (CHC), le 2ième cancer le plus léthal après le cancer du poumon et le 5ième en terme d'incidence mondiale. Aucune thérapie n'est réellement efficace contre le CHC, la seule option restant la transplantation hépatique. Le virus de l'hépatite C (HCV) infecte chroniquement 180 millions d'individus, et bien que des traitements antiviraux efficaces soient actuellement disponibles, certains patients restent difficiles à traiter et en grand risque de développer un CHC. Les hépatites B et delta affectent respectivement 350 et 20 millions de personnes. Dues aux virus de l'hépatite B (HBV) et delta (HDV), elles posent des problèmes de santé publique du fait de la diversité des génotypes viraux, leur dissémination rapide, la sévérité des dommages hépatiques, l'émergence de variants viraux résistants, le contrôle pharmacologique insuffisant avec les thérapies actuelles et l'accès variable à des traitements coûteux.

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GROUPE C. COMBET

Notre groupe effectue des recherches sur les cancers induits par des agents pathogènes par des moyens de la bioinformatique. Nous sommes particulièrement intéressés par le carcinome hépatocellulaire induit par les virus de l'hépatite B et C (VHB and VHC). 

Nos activités couvrent :
- le développement des bases de données intégrant les séquences, structures et fonctions des macromolécules biologiques
- l’intégration d’outils bioinformatiques pour l’analyse des séquences et structures de protéines à travers des serveurs Web
- l’analyse de données de séquençage haut-débit (NGS)
- la bioinformatique structurale des protéines
- la bioinformatique appliquée

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PUBLICATIONS

Luangsay S, Gruffaz M, Isorce N, Testoni B, Michelet M, Faure-Dupuy S, Maadadi S, Ait-Goughoulte M, Parent R, Rivoire M, Javanbakht H, Lucifora J, Durantel D, Zoulim F. Early inhibition of hepatocyte innate responses by hepatitis B virus.  J Hepatol. 2015 Jul 26. pii: S0168-8278(15)00477-8. doi: 10.1016/j.jhep.2015.07.014. [Epub ahead of print]

Luangsay S, Ait-Goughoulte M, Michelet M, Floriot O, Bonnin M, Gruffaz M, Rivoire M, Fletcher S, Javanbakht H, Lucifora J, Zoulim F, Durantel D.
Expression and functionality of Toll- and RIG-like receptors in HepaRG cells. J Hepatol. 2015 Nov;63(5):1077-85. doi: 10.1016/j.jhep.2015.06.022. Epub 2015 Jul 3.

Reddy KR, Zeuzem S, Zoulim F, Weiland O, Horban A, Stanciu C, Villamil FG, Andreone P, George J, Dammers E, Fu M, Kurland D, Lenz O, Ouwerkerk-Mahadevan S, Verbinnen T, Scott J, Jessner W. Simeprevir versus telaprevir with peginterferon and ribavirin in previous null or partial responders with chronic hepatitis C virus genotype 1 infection (ATTAIN): a randomised, double-blind, non-inferiority phase 3 trial. Lancet Infect Dis. 2015 Jan;15(1):27-35. doi: 10.1016/S1473-3099(14)71002-3. Epub 2014 Dec 5. PubMed PMID: 25482330.
  
Zoulim F, Carosi G, Greenbloom S, Mazur W, Nguyen T, Jeffers L, Brunetto M, Yu S, Llamoso C. Quantification of HBsAg in nucleos(t)ide-naïve patients treated for chronic hepatitis B with entecavir with or without tenofovir in the BE-LOW study. J Hepatol. 2015 Jan;62(1):56-63. doi: 10.1016/j.jhep.2014.08.031. Epub 2014 Aug 28. PubMed PMID: 25176615.

Brault C, Lévy P, Duponchel S, Michelet M, Sallé A, Pécheur EI, Plissonnier ML, Parent R, Véricel E, Ivanov AV, Demir M, Steffen HM, Odenthal M, Zoulim F, Bartosch B. Glutathione peroxidase 4 is reversibly induced by HCV to control lipid peroxidation and to increase virion infectivity. Gut. 2014 Dec 16. pii: gutjnl-2014-307904. doi: 10.1136/gutjnl-2014-307904. [Epub ahead of print] PubMed
PMID: 25516417.
  
Charuworn P, Hengen PN, Aguilar Schall R, Dinh P, Ge D, Corsa A, Reesink HW, Zoulim F, Kitrinos KM. Baseline Interpatient Hepatitis B Viral Diversity Differentiates HBsAg Outcomes in Patients Treated With Tenofovir Disoproxil Fumarate. J Hepatol. 2014 Dec 13. pii: S0168-8278(14)00926-X. doi: 10.1016/j.jhep.2014.12.008. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 25514556.
  
Arends P, Sonneveld MJ, Zoutendijk R, Carey I, Brown A, Fasano M, Mutimer D, Deterding K, Reijnders JG, Oo Y, Petersen J, van Bömmel F, de Knegt RJ, Santantonio T, Berg T, Welzel TM, Wedemeyer H, Buti M, Pradat P, Zoulim F, Hansen B, Janssen HL; for the VIRGIL Surveillance Study Group. Entecavir treatment does not eliminate the risk of hepatocellular carcinoma in chronic hepatitis B:limited role for risk scores in Caucasians. Gut. 2014 Jul 10. pii: gutjnl-2014-307023. doi: 10.1136/gutjnl-2014-307023. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 25011935.

Lucifora J, Xia Y, Reisinger F, Zhang K, Stadler D, Cheng X, Sprinzl MF, Koppensteiner H, Makowska Z, Volz T, Remouchamps C, Chou WM, Thasler WE, Hüser N, Durantel D, Liang TJ, Münk C, Heim MH, Browning JL, Dejardin E, Dandri M, Schindler M, Heikenwalder M, Protzer U. Specific and nonhepatotoxic degradation of nuclear hepatitis B virus cccDNA. Science. 2014 Mar 14;343(6176):1221-8. doi:  10.1126/science.1243462. Epub 2014 Feb 20. PubMed PMID: 24557838.

Lavocat F, Deny P, Pichoud C, Al Hawajri N, Kitrinos K, Borroto-Esoda K, Zoulim F. Similar evolution of hepatitis B virus quasispecies in patients with incomplete adefovir response receiving tenofovir/emtricitabine combination or tenofovir monotherapy. J Hepatol. 2013 Jun 3. Jordheim LP, Durantel D, Zoulim F, Dumontet C. Advances in the development of nucleoside and nucleotide analogues for cancer and viral diseases. Nat Rev Drug Discov. 2013 Jun;12(6):447-64. 

Simonin Y, Vegna S, Akkari L, Gregoire D, Antoine E, Piette J, Floc'h N, Lassus P, Yu GY, Rosenberg AR, Karin M, Durantel D, Hibner U. Lymphotoxin signaling is initiated by the viral polymerase in HCV-linked tumorigenesis. PLoS Pathog. 2013 Mar;9(3):e1003234. 

Accardi R, Fathallah I, Gruffat H, Mariggi√≤ G, Le Calvez-Kelm F, Voegele C, Bartosch B, Hernandez-Vargas H, McKay J, Sylla BS, Manet E, Tommasino M. Epstein - Barr virus transforming protein LMP-1 alters B cells gene expression by promoting accumulation of the oncoprotein ΔNp73α. PLoS Pathog. 2013 Mar;9(3):e1003186. 

Lacombe K, Boyd A, Lavocat F, Pichoud C, Gozlan J, Miailhes P, Lascoux-Combe C, Vernet G, Girard PM, Zoulim F. High incidence of treatment-induced and vaccine-escape hepatitis B virus mutants among human immunodeficiency virus/hepatitis B-infected patients. Hepatology. 2013 Mar 6. 

Jammart B, Michelet M, Pecheur EI, Parent R, Bartosch B, Zoulim F, Durantel D. Very-low-density lipoprotein (VLDL)-producing and hepatitis C virus-replicating HepG2 cells secrete no more lipoviroparticles than VLDL-deficient Huh7.5 cells. J Virol. 2013 May;87(9):5065-80. 

Hayer J, Jadeau F, Deleage G, Kay A, Zoulim F, Combet C. HBVdb: a knowledge database for Hepatitis B Virus. Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D566-70. 

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